长期在敦煌从事临摹研究工作的专家曾对些壁画进行过复原临摹，他们往往参考那些重层壁西露出的底层原作，根据长期的调查和研究，进行审慎的复原。因此，他们的临摹品对我们认识古代壁画的原貌很有帮助。如段文杰先生对北魏第263窟北壁供养菩萨的复原临摹， 这部分壁画本来是被宋代重绘壁画覆盖了的。后来表层壁画被揭开。露出了底层的北魏壁画。最初揭开表层型画时，原作的色彩变色程度较轻，可能还非常清楚，但是现在的壁画也有相当部分变黑了，但比起其他北魏制窟的壁画(如第272窟壁画).则又能看清其绘画的笔法及晕染的特点。另外如唐代第148宜药师经变中舞伎.此窝的壁画由于当时所用颜料的问题，大部分都已变黑。万庚育先生辈子在敦煌石窟从事临草工作，并对壁画晕染问题作过专[ ]研究，她参考了大量的唐代未变色的壁画，通过比较研究进行复原,应该是可信的，从中我们可以了解唐代壁画本来的风采。
还有的洞窟是由于人为因素造成变色的，如第156窟壁画是由于曾有人在窟中生火，烟熏造成了变色。
光线的照射，也是颜料变色的重要因素，洞窟中经常受到光线照射的位置，往往壁画变色严重，而洞窟后部相对受光较少的位置，壁画保存得相对较好，或者虽有变色，却不太严重。因此，不少洞窟中在不同的位置，壁画的颜色不同。