除了遍翻垃圾外，斯坦因获得以文牍为主的文物的另一个途径是清理遗址。如果说，在古代的行政官署、边关军事要塞、长久居住点的遗址中，斯坦因首先将目光瞄向那硬化了的垃圾堆的话，在寺院、佛塔等宗教性建筑遗迹里，他则二者并举，或者以清除掩埋了遗迹的土砂为主，孜孜不倦地在废记和倒塌的遗迹里寻找考古字意义上的古代遗物。
从斯坦因前三次中亚考古探险的撰著仔细检索，笔者尚未发现有任何一处经斯坦因挖掘过的遗迹是原封不动的。换言之，遗迹全都是被破坏过的。这里存在两种状况:一种是自然的破坏。例如在罗布泊沙漠里的-些遗址 ，在强烈的自然力如风、沙、日晒经千百年不断交替摧毁下趋于消失的一-些遗址。另一种是人为的破坏。首先是朝代更迭、民族变迁、非佛教信仰者对佛教遗迹的大肆破坏。